أسس قسم الشؤون العلمية مع تاسيس الكلية في 2004 ويهدف الى توسيع العلاقات الثقافيه بين الكلية وكليات الطب الاخرى داخل وخارج البلد من خلال عقد مذكرات تفاهم واتفاقيات وايفاد تدريسيي ومنتسبي الكلية اضافة الى تفعيل وتوثيق النشاط العلمي داخل مرافق الكلية المختلفه وبما يضمن الارتقاء بالمستوى العلمي للكلية . يضم القسم شعبة العلاقات الثقافية والمكلفة بعقد الاتفاقيات الثقافية مع كليات الطب في الجامعات العراقية والعربية والاجنبية ومتابعة تنفيذ بنودها من التفرغ العلمي لأساتذة الكلية وتحقيق الزيارات المتبادلة ومتابعة المؤتمرات العلمية المحلية والعالمية وتسهيل مشاركة الملاكات العلمية في الدورات التدريبية والندوات العلمية والأمور المتعلقة بإيفاد منتسبي الكلية لحضور هذه النشاطات.
يضم ايضا قسم الشؤون العلمية شعبة البحث والتطوير والتي تعنى بمتابعة البحوث العلمية المخططة والمنجزة والمناهج الدراسية للفروع وتقييم اداء المجلات العلمية التابعة للكلية والتنسيق والتعاون بين الكلية والقطاعات الصناعية. اما شعبة البعثات والزمالات الدراسية فتهتم بمتابعة وتنظيم البعثات والزمالات الدراسية خارج القطر لمنتسبي الكلية وحسب الضوابط والتعليمات ، ويعنى بمتابعة وتنظيم الزمالات والبعثات البحثية لطلبة الدراسات العليا (دكتوراه وماجستير) مع مشرفيهم ممن هم في مرحلة البحث
ختاما يضم قسم الشؤون العلمية والعلاقات الثقافية الدورات بالمؤتمرات والتي تقوم بتعميم الدورات والدعوات الخاصة بالمؤتمرات والندوات والأنشطة العلمية داخل القطر وخارجه والتي ترد الى القسم وذلك الى جميع الكليات الطبية واقسام الرئاسة والمراكز البحثية وبما يضمن ايصالها الى أكبر عدد ممكن من منتسبي الكليات الطبية وفي الوقت المناسب وبما يتيح الفرصة لهم للمشاركة والاستفادة منها ، ويقوم القسم بتعميم ما يرد من الوزارة من تعليمات وضوابط واحصائيات في الامور المتعلقة بمهام القسم وتوحيد الاجابات وارسالها للوزارة او الجهات ذات العلاقة.